circRNA测序


环状RNA(circular RNAs,circRNAs)是一类新型非编码RNA,与传统非编码不同,环状RNA分子为封闭环状结构,由于对核酸酶不敏感,因此比线性RNA更为稳定。通过与疾病关联的miRNA相互作用,circRNA在疾病中发挥着重要的调控作用。

技术流程


信息分析


1. Reads QC/QA
2. circRNA的鉴定
3. circRNA定量
4. circRNA表达差异分析
5. 差异基因在组间/样本间的表达差异展示
5. 差异 circRNA 来源基因富集分析
6. miRNA 结合位点分析

应用实例


环状RNA分析发现circHIPK3海绵样吸附miRNAs并调节人细胞生长

Zheng, Q., et al., Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs. Nature communications, 2016. 7.

环状RNA(circRNA)代表着一类广泛且多样的内源性RNA,它可调节真核生物的基因表达。在这里,研究人员生成了来自6种正常组织和7种癌症的RNA测序数据,检测了至少2.7万个候选circRNA。发现其中许多circRNAs在正常与癌组织之间呈差异表达。他们进一步确定了源自HIPK3基因外显子2(Exon2)的一种丰富的circRNA:circHIPK3的特征。结果显示沉默circHIPK3而非HIPK3 mRNA可显著抑制人类细胞生长。通过荧光素酶筛查分析,研究人员观察到circHIPK3像海绵一样吸附结合了具有18个潜在结合位点的9种miRNAs,他们证实circHIPK3直接结合miR-124,并抑制了miR-124活性。这些研究结果提供了令人信服的证据证实由前体mRNA生产的环状RNA在人类细胞中发挥了重要的调控作用。

人类正常和癌症组织中的环状RNA图谱