目标区域测序


目标区域测序是指利用特制的探针对客户感兴趣的蛋白编码区域DNA或某段特定序列进行捕获,富集后进行高通量测序的基因组分析方法。该方法能够获得指定目标区域的遗传信息,极大地提高了基因组中特定目标区域的研究效率,显著降低了研究成本。通过目标区域测序,可以对候选位点或候选基因进行验证,也可以进一步找到候选区域或候选基因内的易感位点,适用于候选基因关联分析等研究。

技术流程


信息分析


1. 按照标准流程进行base calling、raw data数据整理及数据质量评估。
2. 与数据库进行比对。
3. 检测SNP和InDel。
4. 变异所在基因的功能注释和统计。
5. 家系分析和疾病分析。
6. 其他个性化分析。

应用实例


靶向测序揭示食管鳞状细胞癌的肿瘤内空间异质性和克隆进化机制

Hao, J.-J., et al., Spatial intratumoral heterogeneity and temporal clonal evolution in esophageal squamous cell carcinoma. Nature Genetics, 2016.

食管鳞状细胞癌(ESCC)是最常见的恶性肿瘤之一,但其肿瘤内空间异质性(ITH)和克隆进化机制仍是未知的。研究人员对来自13例食管鳞状细胞癌样品中的51个肿瘤区域的多区域进行了全外显子测序,并从中选取3例样品进行多区域全甲基化分析。研究发现,异质性体细胞突变(强ITH)达到了平均35.8%,一半的驱动突变定位在肿瘤系统发育树分支上,包括PIK3CA,NFE2L2和MTOR等。在对比研究中,研究人员发现大部分截断驱动突变和克隆驱动突变出现在抑癌基因上,包括TP53、KMT2D和ZNF750等。有趣的是,种系表观遗传学系统树能够全面概括系统进化树(phylogenetic trees)的拓扑结构,这表明遗传学改变与表观遗传学改变之间可能存在关联。该研究成果系统分析空间ITH与克隆进化机制,为进一步了解ESCC的肿瘤发展与进程提供了重要的分子基础。

ESCC体细胞突变的ITH